Skörden av spannmål som odlats på arealer med miljöersättning för ekologisk odling uppgick under 2013 till 261 600 ton, en ökning med 14 % jämfört med 2012 års totalskörd. Den konventionellt odlade spannmålsskörden minskade istället med 2 %. Den ekologiskt odlade spannmålsskörden motsvarade över 5 % av den totala spannmålsskörden i landet. I länen runt Mälaren blev skörden per hektar lägre än normalt för flera av grödorna. De höstsådda grödorna var ofta i alltför dåligt skick efter den regniga hösten 2012 för att stå emot vår- och sommartorkan som följde. Från andra håll har tvärtom höga skördenivåer rapporterats, framförallt för de vårsådda spannmålsgrödorna.
Både inom ekologisk och konventionell odling var hektarskördarna av ärter och åkerbönor förhållandevis höga under 2013. Hektarskörden av ekologiskt odlade ärter blev på riksnivå den högsta som redovisats under de 11 år som skördenivåer vid ekologisk odling undersökts.
Totalskörden av raps och rybs från arealer med miljöersättning för ekologisk odling har beräknats till 4 400 ton. Efter en ökning med 2 200 ton under 2012 blev det under 2013 en tillbakagång med 500 ton, främst som en följd av lägre skörd per hektar av höstraps. Av landets totala skörd av raps och rybs odlades drygt 1 % ekologiskt under 2013.
Totalskörden av ekologiskt odlad matpotatis uppgick till 13 600 ton för riket. Den ekologiskt odlade matpotatisen svarar för 2 % av den totala skörden av matpotatis. Drygt 4 % av matpotatisarealen i landet odlades med miljöersättning för ekologisk odling under 2013. Skördeutbytet är ofta lågt för den ekologiska matpotatisodlingen. På riksnivå var den genomsnittliga hektarskörden 54 % av motsvarande hektarskörd för den konventionella odlingen.
Av den totala arealen slåtter- och betesvall år 2013 var 23 % ansluten till miljöersättningen för ekologisk odling. Den sammanlagda inbärgade slåttervallsskörden, inklusive återväxt, från arealer som odlats med miljöersättning för ekologisk odling uppgick till 960 800 ton. För den ekologiska slåttervallsodlingen med miljöersättning var hektaravkastningen 89 % av motsvarande hektarskörd vid konventionell odling. Drygt 21 % av den totala skörden av slåttervall kom under 2013 från arealer som odlats ekologiskt.